Historial del Córdoba B en 3º división

El Córdoba B que fue creado en 1997 dió el salto a tercera división la temporada 98-99 tras proclamarse campeón en su grupos de ascenso al Recre B ,Cádiz B y AT.Antoniano,después de vencer por 7-1 a este último conjunto en la sexta y última jornada.Superó al filial recreativista por el goalaverage particular tras quedar empatados a 13 puntos.
Sus números en estas 8 temporadas en las que ha limitado en tercera división desde entonces son:

99-00 12º (48 puntos)
38 partidos 12 victorias 12 empates 14 derrotas 53 g.f. 54 g.c
00-01 8º (55 puntos)
38 partidos 13 victorias 16 empates 9 derrotas 46 g.f. 37 g.c
01-02 7º (62 puntos)
38 partidos 17 victorias 11 empates 10 derrotas 64 g.f. 50 g.c
02-03 8º (63 puntos)
42 partidos 18 victorias 9 empates 15 derrotas 71 g.f. 73 g.c.
03-04 18º (39 puntos) Descenso a preferente
38 partidos 10 victorias 9 empates 19 derrotas 45 g.f. 54 g.c.
05-06 16º (41 puntos)
38 partidos 9 victorias 14 empates 15 derrotas 37 g.f. 42 g.c.
06-07 13º (45 puntos)
38 partidos 12 victorias 9 empates 17 derrotas 37 g.f. 47 g.c.
07-08 13º (44 puntos)
38 partidos 12 victorias 8 empates 18 derrotas 44 g.f. 63 g.c

Su primer partido en tercera división fue el 29 de Agosto de 1999 cuando fue derrotado en casa por 0-4 con el Algeciras CF.